Thông tư hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, áp dụng đối với việc quản lý các loại thuế theo quy định của pháp luật về thuế; các khoản phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.
Nội dung quản lý thuế bao gồm: 1. Khai thuế, tính thuế; 2. Ấn định thuế; 3. Nộp thuế; 4. Uỷ nhiệm thu thuế; 5. Trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế; 6. Thủ tục miễn thuế, giảm thuế; xoá nợ tiền thuế, tiền phạt; 7. Thủ tục hoàn thuế, bù trừ thuế; 8. Kiểm tra thuế, thanh tra thuế; 9. Giải quyết khiếu nại, tố cáo, khởi kiện liên quan đến thực hiện pháp luật thuế.
Một số điểm chú ý:

Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

a) Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, nhầm lẫn gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

b) Mẫu hồ sơ khai bổ sung:
- Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư này
- Tờ khai thuế của kỳ kê khai bổ sung điều chỉnh đã được bổ sung, điều chỉnh (tờ khai này là căn cứ để lập Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS
- Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh tương ứng với các tài liệu trong hồ sơ thuế của từng phần cụ thể tại Thông tư này.

Hướng dẫn lập bảng kê hoá đơn bán ra, hoá đơn mua vào trong một số trường hợp cụ thể:

a) Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động đại lý:
- Người nộp thuế là đại lý bán hàng hoá, dịch vụ hoặc là đại lý thu mua hàng hóa theo hình thức bán, mua đúng giá hưởng hoa hồng không phải khai thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ bán đại lý; hàng hóa thu mua đại lý nhưng phải khai thuế giá trị gia tăng đối với doanh thu hoa hồng đại lý được hưởng. Hóa đơn đầu ra, đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bán đại lý và hàng hóa thu mua đại lý được khai trên bảng kê mẫu số 01-1/GTGT và mẫu số 01-2/GTGT; số liệu tổng hợp về hàng hóa, dịch vụ bán đại lý, hàng hóa thu mua đại lý trên hai bảng kê này không được sử dụng làm căn cứ để lập Tờ khai thuế giá trị gia tăng.
- Đối với các hình thức đại lý khác thì người nộp thuế phải khai thuế giá trị gia tăng đối với hàng hoá, dịch vụ bán hàng đại lý; hàng hoá thu mua đại lý và thù lao đại lý được hưởng.
- Người nộp thuế là đại lý bán đúng giá quy định của bên giao đại lý hưởng hoa hồng của dịch vụ: bưu chính, viễn thông, bán vé xổ số, vé máy bay, ô tô, tàu hoả, tàu thuỷ; đại lý vận tải quốc tế; đại lý của các dịch vụ ngành hàng không, hàng hải mà được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%; đại lý bán bảo hiểm thì không phải khai thuế giá trị gia tăng đối với doanh thu hàng hóa, dịch vụ nhận bán đại lý và doanh thu hoa hồng được hưởng.
- Người nộp thuế là đại lý bán hàng hoá, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế giá trị gia tăng thì không phải khai thuế giá trị gia tăng đối với doanh thu hàng hoá, dịch vụ đó và doanh thu hoa hồng đại lý được hưởng.

b) Doanh nghiệp kinh doanh vận tải thực hiện nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của hoạt động kinh doanh vận tải với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

c) Người nộp thuế tính thuế theo phương pháp khấu trừ thuế có hoạt động mua, bán vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ kê khai thuế giá trị gia tăng như sau:
- Đối với hoạt động kinh doanh hàng hoá, dịch vụ tính thuế theo phương pháp khấu trừ, người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 3 Điều này.
- Đối với hoạt động mua, bán vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ, người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 4 hoặc khoản 5 Điều này.

d) Người nộp thuế kinh doanh dịch vụ cho thuê tài chính không phải nộp Tờ khai thuế giá trị gia tăng đối với dịch vụ cho thuê tài chính, mà chỉ nộp Bảng kê hoá đơn hàng hoá, dịch vụ bán ra theo mẫu số 01-1/GTGT và Bảng kê hoá đơn hàng hoá, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT, trong đó chỉ tiêu thuế giá trị gia tăng mua vào chỉ ghi tiền thuế giá trị gia tăng của tài sản cho thuê phù hợp với hoá đơn giá trị gia tăng lập cho doanh thu của dịch vụ cho thuê tài chính trong kỳ kê khai. Người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế đối với các tài sản cho đơn vị khác thuê mua tài chính.

e) Khai thuế đối với người nộp thuế có hoạt động xuất, nhập khẩu uỷ thác hàng hoá: Người nộp thuế nhận xuất, nhập khẩu ủy thác hàng hóa không phải khai thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa nhận xuất, nhập khẩu ủy thác nhưng phải khai thuế giá trị gia tăng đối với thù lao ủy thác được hưởng. Hóa đơn đầu ra, đầu vào của hàng hóa nhận xuất, nhập khẩu ủy thác được khai trên bảng kê mẫu số 01-1/GTGT và mẫu số 01-2/GTGT; số liệu tổng hợp về hàng hóa nhận ủy thác xuất, nhập khẩu trên hai bảng kê này không được sử dụng làm căn cứ để lập Tờ khai thuế giá trị gia tăng.

g) Việc lập các Bảng kê hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra kèm theo Tờ khai thuế hàng tháng gửi cho cơ quan thuế trong một số trường hợp được thực hiện như sau:
- Đối với hàng hoá, dịch vụ bán lẻ trực tiếp cho đối tượng tiêu dùng như: điện, nước, xăng, dầu, dịch vụ bưu chính, viễn thông, dịch vụ khách sạn, ăn uống, vận chuyển hành khách, mua, bán vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ và bán lẻ hàng hoá, dịch vụ tiêu dùng khác thì được kê khai tổng hợp doanh số bán lẻ, không phải kê khai theo từng hoá đơn.
- Đối với hàng hoá, dịch vụ mua lẻ, bảng kê tổng hợp được lập theo từng nhóm mặt hàng, dịch vụ cùng thuế suất, không phải kê chi tiết theo từng hoá đơn.
- Đối với cơ sở kinh doanh ngân hàng có các đơn vị trực thuộc tại cùng địa phương thì các đơn vị trực thuộc phải lập Bảng kê hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra để lưu tại cơ sở chính. Khi tổng hợp lập Bảng kê hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra, cơ sở chính chỉ tổng hợp theo số tổng hợp trên Bảng kê của các đơn vị phụ thuộc.

Thông tư 28 thay thế cho cho thông tư 60/2007/TT-BTC ngày 14/06/2007, có hiệu lực sau 45 ngày kể từ ngày ký và bắt đầu áp dụng từ tháng 7/2011.